.
├── dnase
├── factorNames.txt
├── full
│   ├── model
│   ├── nonVar
│   ├── res
│   └── SNPs
├── genome
│   └── chromSizes.hg19.txt
├── initial
├── Makefile
├── pwms
│   ├── recal
│   │   ├── pwmFiles.new
│   │   └── pwmSNPs.sites
│   └── seed
│       ├── pwmFiles
│       ├── pwmScan.seq
│       └── pwmScan.sites
├── selPwms
└── src

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